读取HDF或者NetCDF格式的栅格数据

作者:阿振

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修改时间:2018-05-17

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HDF和NetCDF简介

HDF

HDF(Hierarchical Data Format)由NCSA(National Center for Supercomputing Applications)设计提出,官方对其定义是:HDF5 is a unique technology suite that makes possible the management of extremely large and complex data collections.

HDF supports n-dimensional datasets and each element in the dataset may itself be a complex object.

HDF是对HDF数据模型,数据格式以及HDF库API等一系列技术的总称. HDF的最新版本是HDF5.

HDF数据模型基于组(groups)和数据集(datasets)概念:如果把HDF数据比作磁盘,那么组相当于文件夹,数据集相当于文件。组和数据集都有用户自定义的属性(attributes).

MODIS影像,以及我国的风云卫星数据都适用HDF格式进行存储.

NetCDF

NetCDF(Network Common Data Format)由UCAR(University Corporation for Atmospheric Research)设计提出,其官方的定义是:NetCDF is a set of software libraries and self-describing, machine-independent data formats that support the creation, access, and sharing of array-oriented scientific data.

NetCDF是面向多维数组的数据集,一个NetCDF文件主要是Dimensions, Variables, Attributes, Data 四个部分组成的:

  • Dimension主要是对维度的定义说明,例如:经度,维度,时间等;

  • Variables是对数据表示的现象的说明,例如:温度,湿度,高程等;

  • Attributes是一些辅助的元信息说明,例如变量的单位等;

  • Data是主要对现象的观测数据集。

NetCDF有两个数据模型:经典模型(NetCDF3之前模型)和增强模型(NetCDF4)

NetCDF最新版本是NetCDF4,NetCDF4的API接口建立在HDF5之上,和HDF5是兼容的.

如果搞大气研究的同学一定对NetCDF格式不陌生,接触到的大部分数据都是这种格式.

HDF和NetCDF栅格数据集特点

HDF和NetCDF数据都可能包含数据子集(一个文件中包含多个子文件),我们需要找出需要的子集数据,然后就可以像普通的GeoTIFF影像那样进行读写和操作了.

GDAL读取实例

下面的例子读取MODIS地标反射率(Surface Reflectance)数据中的第一波段,然后转为GeoTIFF进行存储.

我们首先使用gdal.Open()函数读取HDF数据,然后使用GetSubDatasets()方法取出HDF数据中存储的子数据集信息,该方法返回的结果是一个listlist的每个元素是一个tuple,每个tuple中包含了对子数据集的表述信息.

对于MODIS数据,tuple的第一个元素是子数据集的完整路径,所以我们取出该路径,然后使用gdal.Open()函数读取该子数据集.

最后我们使用CreateCopy()方法将该子数据集存储为GeoTIFF格式的数据。

所以,总结一下,我们读取HDF或者NetCDF数据子集的时候,最主要的是取出想要处理的子数据集的完整路径。然后就像读取普通GeoTIFF影像那样对子数据集进行读取就OK了.

from osgeo import gdal

root_ds = gdal.Open('example.hdf')
# 返回结果是一个list,list中的每个元素是一个tuple,每个tuple中包含了对数据集的路径,元数据等的描述信息
# tuple中的第一个元素描述的是数据子集的全路径
ds_list = root_ds.GetSubDatasets()

band_1 = gdal.Open(ds_list[11][0])  # 取出第12个数据子集(MODIS反射率产品的第一个波段)
arr_bnd1 = band_1.ReadAsArray()  # 将数据集中的数据转为ndarray

# 创建输出数据集,转为GeoTIFF进行写入
out_file = 'sr_band1.tif'
driver = gdal.GetDriverByName('GTiff')
out_ds = driver.CreateCopy(out_file, band_1)
out_ds.GetRasterBand(1).WriteArray(arr_bnd1)
out_ds.FlushCache()

# 关闭数据集
out_ds = None
root_ds = None

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